Author: Thomas HenryPublisher:
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Languages : fr
Pages : 276
Book Description
La modélisation des interactions biomoléculaires est une technique performante dans les simulations informatiques. De nombreux modèles et logiciels permettent la simulation des interactions protéine-ligand et protéine-protéine. Le plus souvent le ligand est de petite taille (chimie thérapeutique). La simulation des interactions protéine-glycanne pose des problèmes spécifiques essentiellement dus à la taille du glycanne et à sa flexibilité. Plusieurs logiciels de "Docking" ont été testés en utilisant en particulier le complexe IL1α-glycanne comme exemple. Dans ce cas la modélisation a permis une amélioration significative de l'interaction, concernant l'orientation finale des groupements atomiques en contact. L'énergie d'interaction électrostatique a été utilisée comme fonction de score. La visualisation des surfaces électrostatiques permet une meilleure définition de la zone de contact au niveau atomique. Des améliorations des logiciels de "Docking" sont proposées sur cette base. Elles sont particulièrement utiles dans l'exploration de l'espace conformationnel du glycanne.