Author: Eric FeyfantPublisher:
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages : 0
Book Description
Contribution à l'étude, par modélisation par homologies, des relations structure-fonction chez des familles de protéines
Author: Eric FeyfantHomology Modeling
Author: Andrew J. W. OrryPublisher: Humana Press
ISBN: 9781493958801
Category : Science
Languages : en
Pages : 419
Book Description
Knowledge about protein tertiary structure can guide experiments, assist in the understanding of structure-function relationships, and aid the design of new therapeutics for disease. Homology modeling is an in silico method that predicts the tertiary structure of an amino acid sequence based on a homologous experimentally determined structure. In, Homology Modelling: Methods and Protocols experts in the field describe each homology modeling step from first principles, provide case studies for challenging modeling targets and describe methods for the prediction of how other molecules such as drugs can interact with the protein. Written in the highly successful Methods in Molecular BiologyTM series format, the chapters include the kind of detailed description and implementation advice that is crucial for getting optimal results in the laboratory. Thorough and intuitive, Homology Modelling: Methods and Protocols guides scientists in the available homology modeling methods.
DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES POUR L'ANALYSE ET LA MODELISATION DES PROTEINES
Author: Gilles LabessePublisher:
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages : 166
Book Description
LES PROTEINES SONT DES CONSTITUANTS ESSENTIELS DU MONDE VIVANT, D'UNE GRANDE VARIETE FONCTIONNELLE ET STRUCTURALE. LA COMPREHENSION DES DIFFERENTS MECANISMES BIOLOGIQUES IMPLIQUE L'IDENTIFICATION DU ROLE DE CHAQUE PROTEINE. LA FONCTION D'UNE PROTEINE EST DICTEE PAR SA STRUCTURE, ELLE-MEME CODEE PAR SA SEQUENCE EN ACIDES AMINES. LA CONNAISSANCE DE LA STRUCTURE EST PRIMORDIALE POUR L'ANALYSE OU LA MODIFICATION DE L'ACTIVITE D'UNE PROTEINE. NOUS AVONS ETUDIE LES RELATIONS ENTRE LA SEQUENCE ET LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES ET MIS AU POINT UNE METHODOLOGIE POUR RELIER DES FAMILLES DE SEQUENCES A DES REPLIEMENTS TRIDIMENSIONNELS. AINSI, NOUS AVONS PU IDENTIFIER DE NOUVELLES FAMILLES DE PROTEINES. POUR AMELIORER CES ANALYSES STRUCTURALES, NOUS AVONS DEVELOPPE DE NOUVEAUX PROGRAMMES POUR LA RECHERCHE DE SIMILARITE, L'ASSIGNATION DES STRUCTURES SECONDAIRES ET LA MODELISATION MOLECULAIRE. LES RESULTATS DE CES METHODES D'ANALYSES STRUCTURALES ONT ETE VALIDES PAR COMPARAISONS AVEC LES DONNEES EXPERIMENTALES QUI ONT PU ETRE OBTENUES, NOTAMMENT, DANS LE CADRE DE L'ETUDE DU DOMAINE HEMOGLOBINE D'UNE NOUVELLE PROTEINE (FHP) DE LA BACTERIE PHYTOPATHOGENE ERWINIA CHRYSANTHEMI. L'ANALYSE DE LA SEQUENCE DE LA FHP NOUS AVAIT CONDUIT A POSTULER L'EXISTENCE D'UN NOUVEAU DOMAINE HEMOGLOBINE POUVANT ECHANGER DES ELECTRONS AVEC LES AUTRES DOMAINES DE LA FHP. CE DOMAINE A ETE ISOLE PAR GENIE GENETIQUE ET PURIFIE. LES DONNEES BIOCHIMIQUES ET SPECTROSCOPIQUES, NOTAMMENT DE RMN, ONT CONFIRME LA NATURE DE CE DOMAINE ET MONTRE DES PROPRIETES NOUVELLES (TRANSFERT D'ELECTRON ET FORTE AFFINITE POUR L'OXYGENE). LA STRUCTURE DE CE DOMAINE A ETE MODELISEE PAR HOMOLOGIE. DES RELATIONS ENTRE LA STRUCTURE ET LES CARACTERISTIQUES PARTICULIERES DE CE DOMAINE SONT PROPOSEES
Contribution À L'étude Des Relations Entre la Structure Quaternaire Et la Fonction Des Protéines
Author: Marianne HuetContribution a l'étude des relations entre la structure quaternaire et la fonction des protéines
Author: Marianne HuetContribution à l'étude des relations entre la structure quaternaire et la fonction des protéines
Author: Marianne Huet (auteur d'une thèse de sciences.)Publisher:
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages : 30
Book Description
CONTRIBUTION A L'ETUDE STRUCTURALE DE PROTEINES IMPLIQUEES DANS LA TRANSCRIPTION/REPARATION DE L'ADN
Author: VALERIE.. LAMOURPublisher:
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages : 238
Book Description
LE FACTEUR GENERAL DE TRANSCRIPTION TFIIH EST COMPOSE D'AU MOINS NEUF SOUS-UNITES DONT LA PLUPART SONT EGALEMENT IMPLIQUEES DANS LA REPARATION DE L'ADN PAR EXCISION DES NUCLEOTIDES (NER). PARMI CES SOUS-UNITES, NOUS NOUS SOMMES INTERESSES A L'HELICASE P89/XPB ET A LA SOUS-UNITE P62. NOUS AVONS DEFINI LES MOTIFS CONSERVES DE LA SOUS-FAMILLE DES PROTEINES HOMOLOGUES A P89/XPB ET IDENTIFIE CHEZ P62 UN MOTIF CONSERVE DANS D'AUTRES FAMILLES DE PROTEINES. UNE ETUDE BIOCHIMIQUE DE LA PROTEINE P89/XPB ENTIERE ET DE SES DIFFERENTS DOMAINES A ETE MENEE DANS L'OPTIQUE D'UNE ETUDE STRUCTURALE. LE DOMAINE N-TERMINAL DE LA SOUS-UNITE P62 A ETE CARACTERISE PAR DES TECHNIQUES BIOPHYSIQUES ET MARQUE A L'AZOTE 15 ET AU CARBONE 13. LA DETERMINATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE CE DOMAINE PAR RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE A ETE ENTREPRISE. LA TAT BINDING PROTEIN (TBP) EST IMPLIQUEE DANS LA RECONNAISSANCE DU PROMOTEUR A L'INITIATION DE LA TRANSCRIPTION, MAIS AUSSI DANS LA RECONNAISSANCE DES LESIONS DE L'ADN INDUITES PAR LE CISPLATINE, UN COMPOSE UTILISE EN CHIMIOTHERAPIE DES CANCERS. NOUS AVONS CRISTALLISE LA TBP EN COMPLEXE AVEC UN ADN PLATINE DANS LE BUT D'OBTENIR SA STRUCTURE CRISTALLOGRAPHIQUE ET D'ETUDIER LES DETERMINANTS MOLECULAIRES DE CETTE INTERACTION. NOUS AVONS ETABLI UNE PROCEDURE POUR ANALYSER LE CONTENU DES CRISTAUX PAR SPECTROMETRIE DE MASSE.
ETUDE STRUCTURALE DE L'APO-NEOCARZINOSTATINE ET DU COMPLEXE APO-NEOCARZINOSTATINE/DAUNOMYCINE PAR RMN 2D DU PROTON ET MODELISATION MOLECULAIRE
Author: ELISABETH.. ADJADJPublisher:
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages :
Book Description
LE TRAVAIL PRESENTE DANS CETTE THESE EST UNE ILLUSTRATION DE L'APPORT CONJOINT DE LA RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN) ET DE LA MODELISATION MOLECULAIRE DANS L'ANALYSE CONFORMATIONNELLE DE PROTEINES EN SOLUTION ET DANS L'ETUDE DES INTERACTIONS MOLECULAIRES MISES EN JEU DANS LES PROCESSUS BIOCHIMIQUES. L'APO-NEOCARZINOSTATINE(APO-NCS), PROTEINE DONT LA MASSE MOLECULAIRE EST DE 10,7 KDA EST CONSTITUEE DE 113 ACIDES AMINES. ELLE FAIT PARTIE D'UNE FAMILLE DE PROTEINES CARACTERISEES PAR LEUR ROLE DE STABILISATION ET DE TRANSPORT TRANSMEMBRANAIRE DE CHROMOPHORES ANTIBIOTIQUES A PROPRIETES ANTITUMORALES. CEPENDANT, MALGRE UNE HOMOLOGIE DE SEQUENCE ET UNE SIMILITUDE DE STRUCTURE TRES MARQUEE PARMI LES MEMBRES CONNUS DE CETTE FAMILLE, CHACUNE DE CES PROTEINES LIE AVEC UNE GRANDE AFFINITE UN CHROMOPHORE SPECIFIQUE. L'ETUDE STRUCTURALE DE L'APO-NCS ET DU COMPLEXE NCS/DAUNOMYCINE A ETE ABORDEE PAR LES TECHNIQUES MAINTENANT CLASSIQUES DE RMN BIDIMENSIONNELLES DU PROTON. LES CALCULS DE MODELISATION MOLECULAIRE, EFFECTUES SOUS CONTRAINTES DE DISTANCES ENTRE LES PROTONS DE LA PROTEINE DEDUITES DE L'ANALYSE COMBINEE DES SPECTRES DE RMN 2D, ONT ABOUTI A LA DETERMINATION DE LA STRUCTURE TERTIAIRE DE LA PROTEINE EN SOLUTION. LES RESULTATS OBTENUS METTENT CLAIREMENT EN EVIDENCE LES ZONES DE FLEXIBILITE DE LA PROTEINE. LA DEUXIEME PARTIE DE LA THESE PORTE SUR L'ETUDE DE L'INTERACTION DE L'APO-NCS AVEC LA DAUNOMYCINE, EQUIVALENT DU COFACTEUR INSTABLE ET TRES MUTAGENE DE LA PROTEINE NATIVE. LES RESULTATS OBTENUS ONT PERMIS DE LOCALISER LE SITE ACTIF ET MONTRENT QUE LA FIXATION DU CHROMOPHORE EST ESSENTIELLEMENT DETERMINEE PAR LES PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES DES ACIDES AMINES DU SITE ACTIF. LE TRAVAIL REALISE OUVRE DE LARGES PERSPECTIVES D'ETUDE VERS LA COMPREHENSION DES RELATIONS STRUCTURE-FONCTION DE L'APO-NCS, CONSIDEREE COMME UN MODELE DE PROTEINE DE TRANSPORT
Utilisation de la modélisation moléculaire par homologie pour l'étude des relations entre la structure et les fonctions de la cathepsin A lysosomiale humaine
Author: Marc-André ElsligerANTHEPROT
Author: Christophe GeourjonPublisher:
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages : 167
Book Description
UNE DES ETAPES CAPITALE DE L'ETUDE DES RELATIONS STRUCTURES-FONCTIONS DES PROTEINES CONSISTE A EFFECTUER UNE ANALYSE EXHAUSTIVE DES SEQUENCES PROTEIQUES AFIN D'EN EXTRAIRE LE MAXIMUM D'INFORMATION. NOUS AVONS MIS AU POINT UNE NOUVELLE METHODE DE PREDICTION DE LA STRUCTURE SECONDAIRE APPELEE SOPM, POUR SELF OPTIMISED PREDICTION METHOD QUI EST AUJOURD'HUI UNE DES PLUS PERFORMANTE (69%) POUR 3 ETATS STRUCTURAUX: HELICE, FEUILLET ET REGIONS APERIODIQUES). CETTE METHODE ASSOCIE ETROITEMENT RECHERCHE DE PROTEINES HOMOLOGUES, RECHERCHE DE PROTEINES APPARTENANT A UNE MEME CLASSE STRUCTURALE ET AUTO-OPTIMISATION DE LA PREDICTION. NOUS AVONS DEVELOPPE UN LOGICIEL GRAPHIQUE INTERACTIF D'ANALYSE THEORIQUE DE SEQUENCE DE PROTEINE SUR STATION DE TRAVAIL IBM RISC 6000, LE LOGICIEL ANTHEPROT. CE LOGICIEL RASSEMBLE UN LARGE EVENTAIL DE METHODES D'ETUDES DES SEQUENCES DE PROTEINES: RECHERCHE DE SITES FONCTIONNELS, RECHERCHE DE PROTEINES HOMOLOGUES DANS LES BANQUES DE SEQUENCES, TECHNIQUES D'ALIGNEMENTS MULTIPLES, ETUDE DE PARAMETRES PHYSICO-CHIMIQUES, PREDICTION DE STRUCTURES SECONDAIRES. LE LOGICIEL ANTHEPROT PERMET LA VISUALISATION ET LA MANIPULATION DE STRUCTURES TRIDIMENSIONNELLES DE MACROMOLECULES. IL POSSEDE LES DIFFERENTS OUTILS COURAMMENT UTILISES: MODES DE REPRESENTATIONS, SELECTIONS, MODULE DE SUPERPOSITION, OUTILS GEOMETRIQUES, VISUALISATION DE PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES, EXPLOITATION DE RESULTATS DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE. AFIN DE REPONDRE AUX BESOINS SPECIFIQUES DE LA MODELISATION MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN, NOUS AVONS DEVELOPPE A L'INTERIEUR D'ANTHEPROT UN MODULE RMN PERMETTANT UNE INTERFACE AVEC LE LOGICIEL X-PLOR. CE MODULE GRAPHIQUE ET INTERACTIF PERMET UNE EXPLOITATION RAPIDE DES DONNEES ISSUES DE LA RMN ET DE LA MODELISATION. CETTE STRATEGIE GLOBALE D'ETUDE DES RELATIONS STRUCTURE-FONCTION, A ETE UTILISEE DANS LE CADRE DU PROJET DE CARACTERISATION STRUCTURALE ET FONCTIONNELLE DU DOMAINE DE FIXATION A L'ADN DU REPRESSEUR FRUR DE L'OPERON ACE D'ESCHERICHIA COLI. CE DOMAINE A ETE SUREXPRIME ET PURIFIE A L'HOMOGENEITE, SA STRUCTURE A ETE DETERMINEE PAR MODELISATION MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN EN UTILISANT LES LOGICIELS X-PLOR ET ANTHEPROT