Evaluation microbiologique et moléculaire des potentialités de biodégradation dans des systèmes complexes PDF Download

Author: Sylvie Hallier-Soulier
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Languages : fr
Pages : 216

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Book Description
Ce travail porte sur la mise en évidence des potentialités de biodégradation des molécules aromatiques simples dans les sols pollués. Dans un premier temps, quatre souches: deux rhodococcus b et t, et deux pseudomonas putida mx et eb, isolées d'un sol pollué par un mélange d'hydrocarbures, ont été caractérisées. Ces quatre bactéries présentent différentes spécificités de substrats. Néanmoins, elles sont toutes capables de métaboliser le toluène. Au niveau génétique, ces quatre souches possèdent des plasmides de grande taille et celui de la souche mx semble porter les gènes homologues aux gènes xyl de pseudomonas putida mt-2, codant pour les enzymes impliquées dans la dégradation du toluene et des xylenes. Par ailleurs, par amplification in vitro, il a été montré que ces quatre souches possédaient un gène homologue au gène xyle, codant pour une catechol 2,3-dioxygenase. Pour évaluer les potentialités de biodégradation dans les sols a l'aide d'outils moléculaires, le gène xyle a été utilise comme marqueur. Une méthode d'extraction de l'adn du sol par lyse directe des microorganismes in situ a été mise en œuvre. La lyse des microorganismes est réalisée par procédés mécaniques (ultrasonication et chocs thermiques) puis l'adn est purifié par passages successifs sur colonne sephadex g200 et colonne elutip-d afin d'éliminer les substances humiques, inhibitrices de la taq dna polymerase. Le rendement de l'extraction d'adn est de 90% dans des microcosmes inoculés par la souche mx. L'adn extrait sert ensuite de matrice pour l'amplification in vitro d'un fragment de 320 pb du gène xyle. Le seuil de détection de la méthode moléculaire est de 10#2 bactéries par g de sol après hybridation des produits pcr avec une sonde interne au gène xyle. La quantification des produits pcr par densitomètre a montre que la méthode d'extraction d'adn du sol était reproductible. Cependant, cette méthode semi-quantitative ne permettait pas de déterminer précisément le nombre de séquences cibles xyle initialement présentes dans le mélange pcr. Une méthode quantitative par pcr compétitive avec un standard interne, construit par pcr recombinante, a donc été développée et évaluée. L'approche moléculaire a été appliquée a une série de sols, prélevés à différents sites, pollués ou non par le toluene. L'ensemble des résultats montre que le gène xyle semble représentatif des populations capables de dégrader le toluene dans des sols pollués. La pcr compétitive est une méthode rapide et sensible de quantification, bien adaptée à l'évaluation des potentialités biodegradatives dans un sol pollué. Elle peut être appliquée au suivi de populations spécifiques lors d'un procédé de bioremediation.