Détermination de la structure par RMN d'une protéine impliquée dans la biosynthèse de centres [Fe-S] PDF Download
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Author: Nicolas Duraffourg Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages : 174
Book Description
La protéine SufA d'Escherichia coli est une protéine homodimérique, dite d'échafaudage, qui permet l'assemblage de centres [Fe-S] avant de les transmettre à une protéine cible possèdant une fonction biologique. Elle appartient à un ensemble de protéines organisées en opéron (SUF) qui semble activé dans le cadre de stress oxydatif. Afin de mieux comprendre le mode de fixation du centre [Fe-S] par la protéine SufA, la détermination de la structure tridimensionnelle par RMN a été entreprise. Nous avons obtenu la structure monomérique de la protéine sans son centre [Fe-S] (forme apo) et effectué des études de résonance magnétique nucléaire (RMN) préliminaires de la protéine SufA avec son centre métallique reconstitué. Nous avons pu ainsi observer trois résidus cystéine, que des études biochimiques ont montré comme étant impliqués dans la chélation du centre [Fe-S], et affirmer qu'ils étaient proches du site métallique sans toutefois définir exactement le mode de coordination du centre [Fe-S]. La détermination de la structure du dimère, en cours, et des études RMN complémentaires sur l'holoprotéine (avec son centre [Fe-S]) devrait nous permettre de répondre à ces questions toujours en suspens. D'autre part nous avons observé des différences structurales par rapport aux structures cristallographiques (publiées au cours de ce travail de thèse), particulièrement dans la partie C-terminale de la protéine où se situent deux des cystéines observées
Author: Nicolas Duraffourg Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages : 174
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La protéine SufA d'Escherichia coli est une protéine homodimérique, dite d'échafaudage, qui permet l'assemblage de centres [Fe-S] avant de les transmettre à une protéine cible possèdant une fonction biologique. Elle appartient à un ensemble de protéines organisées en opéron (SUF) qui semble activé dans le cadre de stress oxydatif. Afin de mieux comprendre le mode de fixation du centre [Fe-S] par la protéine SufA, la détermination de la structure tridimensionnelle par RMN a été entreprise. Nous avons obtenu la structure monomérique de la protéine sans son centre [Fe-S] (forme apo) et effectué des études de résonance magnétique nucléaire (RMN) préliminaires de la protéine SufA avec son centre métallique reconstitué. Nous avons pu ainsi observer trois résidus cystéine, que des études biochimiques ont montré comme étant impliqués dans la chélation du centre [Fe-S], et affirmer qu'ils étaient proches du site métallique sans toutefois définir exactement le mode de coordination du centre [Fe-S]. La détermination de la structure du dimère, en cours, et des études RMN complémentaires sur l'holoprotéine (avec son centre [Fe-S]) devrait nous permettre de répondre à ces questions toujours en suspens. D'autre part nous avons observé des différences structurales par rapport aux structures cristallographiques (publiées au cours de ce travail de thèse), particulièrement dans la partie C-terminale de la protéine où se situent deux des cystéines observées
Author: Nicolas Duraffourg Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages : 0
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La protéine SufA d'Escherichia coli est une protéine homodimérique, dite d'échafaudage, qui permet l'assemblage de centres [Fe-S] avant de les transmettre à une protéine cible possèdant une fonction biologique. Elle appartient à un ensemble de protéines organisées en opéron (SUF) qui semble activé dans le cadre de stress oxydatif. Afin de mieux comprendre le mode de fixation du centre [Fe-S] par la protéine SufA, la détermination de la structure tridimensionnelle par RMN a été entreprise. Nous avons obtenu la structure monomérique de la protéine sans son centre [Fe-S] (forme apo) et effectué des études de résonance magnétique nucléaire (RMN) préliminaires de la protéine SufA avec son centre métallique reconstitué. Nous avons pu ainsi observer trois résidus cystéine, que des études biochimiques ont montré comme étant impliqués dans la chélation du centre [Fe-S], et affirmer qu'ils étaient proches du site métallique sans toutefois définir exactement le mode de coordination du centre [Fe-S]. La détermination de la structure du dimère, en cours, et des études RMN complémentaires sur l'holoprotéine (avec son centre [Fe-S]) devrait nous permettre de répondre à ces questions toujours en suspens. D'autre part nous avons observé des différences structurales par rapport aux structures cristallographiques (publiées au cours de ce travail de thèse), particulièrement dans la partie C-terminale de la protéine où se situent deux des cystéines observées.
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DANS LE CADRE DE L'ETUDE DE LA RELATION STRUCTURE-ACTIVITE, CE TRAVAIL SE PROPOSE D'ETABLIR UNE STRATEGIE DE DETERMINATION, PAR RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN), DE STRUCTURE DE PROTEINES EN SOLUTION. POUR CE FAIRE, TOUTES LES ETAPES DE L'ETUDE CONFORMATIONNELLE D'UNE PROTEINE SONT DECRITES DEPUIS L'ECHANTILLON DANS UN TUBE RMN JUSQU'A LA STRUCTURE TERTIAIRE EN SOLUTION. DANS CETTE DEMARCHE GENERALE, L'ATTRIBUTION DES RESONANCES AUX DIVERS PROTONS EST UNE ETAPE CLE. UNE STRATEGIE ORIGINALE D'ATTRIBUTION EST DECRITE: ELLE SE COMPOSE D'UNE VARIANTE DE LA METHODE DES SIGNATURES (MAIN CHAIN DIRECTED) QUI PERMET D'IDENTIFIER RAPIDEMENT LES STRUCTURES SECONDAIRES COMPLETEES PAR L'ATTRIBUTION SEQUENTIELLE CLASSIQUE. LA METHODE A ETE APPLIQUEE A L'ATTRIBUTION COMPLETE DE DEUX TOXINES: L'ALPHA COBRATOXINE (71 ACIDES AMINES) EXTRAITE DU VENIN DU NAJA NAJA SIAMENSIS ET LA TOXINE III (64 ACIDES AMINES) DU SCORPION ANDROCTONUS AUSTRALIS HECTOR. L'ANALYSE DETAILLEE ET PRECISE DES CARTES NOESY A CONDUIT A UN GRAND NOMBRE DE CONTRAINTES DE DISTANCES INTERPROTONIQUES. CES CONTRAINTES STRUCTURALES ONT ETE INCORPOREES DANS DES CALCULS DE CONVERSION DISTANCE-GEOMETRIE (VEMBED) ET DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE (AMBER). POUR CHACUNE DES DEUX TOXINES, UNE STRUCTURE PRELIMINAIRE EST OBTENUE ET EST ACTUELLEMENT EN COURS DE RAFFINEMENT
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La structure en solution de B. subtilis Crh, une protéine du system de répression catabolique a été déterminée par RMN. Crh possède une importante identité de séquence avec HPr, une phosphoprotéine du système phosphoénolpyruvate (PEP) : carbohydrate phosphotransférase également impliquée dans la régulation catabolique des sucres chez les bactéries à Gram +. Nous avons montré que Crh forme un mélange monomère/dimère alors que HPr est monomérique. Une attribution complète de la forme monomérique de Crh a été obtenue ainsi que 60 % des résonances du squelette peptidique du dimère ; permettant l'identification de l'interface du dimère par cartographie des déplacements chimiques. Les structures des monomères de Crh et de HPr sont proches, mais possèdent des différences significatives dont un décalage de deux résidus dans l'appariement du feuillet [bêta] qui pourrait avoir une influence sur les natures oligomériques différentes des deux protéines. L'importante conservation des résidus de surface entre Crh et HPr au niveau du site de liaison de HPr pour leur partenaire protéique commun CcpA ainsi que la similitude des propriétés dynamiques des deux phosphoprotéines suggère que les surfaces d'interaction de Crh et de HPr pour CcpA sont semblables. Au cours d'une seconde étude, nous avons résolu la structure en solution d'un complexe composé du fragment d'ADN d(CGATCG)2 et une nouvelle drogue antitumorale en cours de développement. Les cycles aromatiques de la drogue s'intercalent entre les paires de base GC, et la chaîne latérale de l'intercalant interagit avec le petit sillon de l'ADN. Des simulations de dynamique moléculaire sans contrainte dans une boîte d'eau ont confirmé la stabilité du modèle d'intercalation. La structure de ce complexe contribue à une meilleure compréhension des mécanismes d'interaction drogue/ADN permettant de rationaliser la mise au point de la génération suivante d'agents anticancéreux.
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LA RMN EN SOLUTION S'EST IMPOSEE COMME UNE METHODE DE CHOIX POUR DETERMINER LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE BIOMOLECULES, UTILISANT PRINCIPALEMENT DES INFORMATIONS DE DISTANCE ET D'ANGLE DIEDRE, OBTENUES PAR LA MESURE DE NOE ET DE COUPLAGES 3J. LA RMN CLASSIQUE EST CEPENDANT LIMITEE DANS L'ETUDE DE PROTEINES GLOBULAIRES DE MASSE IMPORTANTE ET DE BIOMOLECULES D'ARCHITECTURE COMPLEXE COMME LES PROTEINES MODULAIRES, MEME AVEC LES TECHNIQUES LES PLUS AVANCEES, COMME LA DEUTERATION. SI LA RMN CLASSIQUE PREND AVANTAGE DU MOYENNEMENT ISOTROPE DES INTERACTIONS ETUDIEES, IL EST APPARU DES METHODES ALTERNATIVES BASEES SUR UN MOYENNEMENT INCOMPLET DE CELLES-CI. EN UTILISANT L'ANISOTROPIE DE REORIENTATION D'UNE BIOMOLECULE SUR ELLE-MEME OU EN ALIGNANT CELLE-CI FAIBLEMENT SUIVANT UNE DIRECTION PRIVILEGIEE, GRACE A UNE SUSCEPTIBILITE MAGNETIQUE ANISOTROPE OU EN UTILISANT DES MILIEUX CRISTAUX LIQUIDES, ON PEUT MESURER DE NOUVELLES CONTRAINTES STRUCTURALES, QUALIFIEES D'ORIENTATIONNELLES. APRES AVOIR DECRIT LES SPECIFICITES DE CES CONTRAINTES, NOUS AVONS UTILISE LE RAPPORT DES VITESSES DE RELAXATION R 2/R 1 POUR DETERMINER LE TENSEUR DE DIFFUSION ROTATIONNELLE DU CYTOCHROME C DE RHODOBACTER CAPSULATUS ET SON ETAT D'OLIGOMERISATION. NOUS AVONS ALORS CARACTERISE SA DYNAMIQUE INTERNE PUIS AFFINE LA STRUCTURE DE LA CHAINE PEPTIDIQUE. EN UTILISANT CES DONNEES DE RELAXATION, LES DEPLACEMENTS CHIMIQUES PARAMAGNETIQUES, LES CONSTANTES DE COUPLAGE DIPOLAIRE RESIDUEL ET UN EFFET DE CORRELATION CROISEE CURIE-DIPOLAIRE EN COMBINAISON AVEC UNE ANALYSE DE LA STRUCTURE SECONDAIRE, NOUS AVONS DETERMINE AB INITIO LA STRUCTURE GLOBALE DE CETTE MOLECULE PARAMAGNETIQUE. NOUS AVONS POUR CELA DEVELOPPE LE PROGRAMME SCULPTOR. ENFIN, NOUS AVONS MIS AU POINT UN ALGORITHME QUI MONTRE QUE LA MESURE DE CONSTANTES DE COUPLAGE DIPOLAIRE RESIDUEL DANS DES MILIEUX CRISTAUX LIQUIDES SUFFIT A DETERMINER LA STRUCTURE D'UNE PROTEINE.
Author: YINSHAN.. YANG Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages :
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CE TRAVAIL A PERMIS, GRACE A DES TECHNIQUES DE RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN) A 2 ET 3 DIMENSIONS, A L'ETUDE CONFORMATIONNELLE DE PEPTIDES ET DE PROTEINES EN SOLUTION. UNE PREMIERE APPLICATION CONCERNE UN PEPTIDE (23 ACIDES AMINES) ISSU DE LA BRANCHE N-TERMINALE DE L'ASPARTYL-TARN SYNTHETASE. IL A ETE MONTRE PAR DES EXPERIENCES DE DICHROISME CIRCULAIRE QUE LE PEPTIDE EN SOLUTION AQUEUSE INTERAGIT AVEC POLY(DT). LA TECHNIQUE DE RMN 2D A ETE UTILISEE POUR ATTRIBUER LES SPECTRES PROTON. SUR LA BASE DES CONTRAINTES DE DISTANCES INTER-PROTONIQUE TIREES DES EXPERIENCES NOESY, LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DU PEPTIDE A ETE DETERMINEE. ENSUITE LA TRANSITION CONFORMATIONNELLE D'UNE PROTEINE, L'ALPHA-COBRATOXINE (71 ACIDES AMINES) EN FONCTION DU PH A ETE ETUDIE. L'ATTRIBUTION COMPLETE DES RESONANCES PROTONIQUES A ETE REALISEE A PH NEUTRE PAR DIFFERENTES EXPERIENCES DE RMN 2D. LA RMN COUPLEE AUX CALCULS DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE A MONTRE QUE LA CONFORMATION GLOBALE ETAIT CONSERVEE AVEC DES DIFFERENCES LOCALES EN PARTICULIER AU NIVEAU DE L'HISTIDINE 18. LA STRUCTURE D'UNE AUTRE PROTEINE, LA SOUS-UNITE A DE LA CROTOXINE (90 ACIDES AMINES) A ETE EGALEMENT ETUDIEE. L'ATTRIBUTION COMPLETE DES RESONANCES DU PROTON A L'AIDE DES EXPERIENCES RMN-2D ET 3D A ETE EFFECTUEE. LES CARTES 2D NOESY ONT PERMIS L'EVALUATION DES DISTANCES INTER-PROTONIQUES QUI CONSTITUENT AINSI LES CONTRAINTES POUR LES CALCULS DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE
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L'identification des signaux RMN en terme d'acide aminé est connu sous le terme d'attribution. Cette étape est incontournable non seulement lorsque l'on veut déterminer la structure d'une protéine par RMN mais également lorsque l'on a une structure cristallographique et que l'on veut étudier plus avant une protéine.Le programme QUASI pour QUick Access to Spectral Interpretation a été développé afin d'assister l'attribution. Ce nouvel outil permet, grâce à son interface graphique, la présentation de résultats obtenus à partir de références issues d'horizons divers.Les résultats obtenus sur des protéines de tailles différentes telles que l'-actinine EF-34 (75 acide-aminés) et le fragment 24 kDa de la sous-unité B de l'ADN-gyrase (220 acide-aminés) sont précis et fiables.La seconde partie de ce manuscrit est dédiée à l'étude de la dynamique du fragment 24 kDa de la sous-unité B de l'ADN-gyrase. Cette étude est menée à 3 températures 298 K, 303 K et 310 K en présence de 2 ligands ADPNP ou novobiocine. Le fragment s'avère subir des mouvements à différentes échelles de temps. Les boucles, qui se ferment et s'ouvrent sur la poche active, présentent des mouvements particulièrement difficiles à définir.
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LES PROTEINES FER-SOUFRE SONT DES MOLECULES UBIQUITAIRES, IMPLIQUEES DANS LES PRINCIPAUX PROCESSUS FONDAMENTAUX NECESSAIRES A LA VIE TELS QUE LA PHOTOSYNTHESE, LA FIXATION D'AZOTE OU LA REDUCTION DE L'HYDROGENE. L'INTERET DE LEUR ETUDE NE SE LIMITE PAS SEULEMENT A LEUR PROPRE CARACTERISATION ET A LA COMPREHENSION DE LEUR FONCTIONNEMENT, CAR ELLES SERVENT EGALEMENT DE MODELES POUR DES DOMAINES HOMOLOGUES DANS DE NOMBREUX COMPLEXES ENZYMATIQUES, COMME LE PHOTOSYSTEME I. CETTE THESE COMBINE LES PERFORMANCES DE LA RESONANCE MAGNETIQUE ET CELLES DE LA MUTAGENESE DIRIGEE DANS L'ETUDE DE PLUSIEURS PROTEINES FER-SOUFRE. CETTE APPROCHE NOUS A PERMIS D'ETABLIR PAR RMN 1H LES ELEMENTS DE STRUCTURE SECONDAIRE ET L'ALLURE GLOBALE DU REPLIEMENT DU FRAGMENT N-TERMINAL DE L'HYDROGENASE A FER I DE C. PASTEURIANUM, RENFERMANT UN CENTRE 2FE-2S ET DE MONTRER SA SIMILITUDE AVEC LES STRUCTURES TERTIAIRES DES FERREDOXINES 2FE-2S DE TYPE PLANTE. LORS DE LA REDUCTION DE CE CENTRE 2FE-2S, NOUS AVONS PU OBSERVER SA CONVERSION EN UN CENTRE 4FE-4S 2 +. NOTRE ETUDE DE L'AUTO-ECHANGE ELECTRONIQUE DE LA RUBREDOXINE DE C. PASTEURIANUM PRESENTE LA PREMIERE MESURE SYSTEMATIQUE ET PRECISE DE CONSTANTES DE VITESSES D'AUTO-ECHANGE POUR UNE PROTEINE FE-S. NOUS AVONS IDENTIFIE LA REGION DE LA PROTEINE IMPLIQUEE AU SITE D'INTERACTION ET NOUS AVONS INTERPRETE NOS RESULTATS CINETIQUES AVEC UN MODELE ELABORE PERMETTANT DE RENDRE COMPTE DES INTERACTIONS ELECTROSTATIQUES ENTRE BIOMOLECULES. L'ETUDE RMN 1H DE LA FERREDOXINE 24FE-4S DE C. VINOSUM A PERMIS D'ATTRIBUER LES DEUX POTENTIELS REDOX, DIFFERANT DE 200 MV DANS UN CAS UNIQUE PARMI LES SYSTEMES BIEN CARACTERISES, A CHACUN DES CLUSTERS IDENTIFIES SUR LA STRUCTURE DE LA PROTEINE. DE PLUS, LE TRANSFERT ELECTRONIQUE INTRAMOLECULAIRE (ENTRE LES DEUX CLUSTERS D'UNE MOLECULE) A ETE CARACTERISE EN DETAIL ET IL NOUS A PERMIS DE PROPOSER LES PREMIERES ESTIMATIONS DE L'ENERGIE DE REORGANISATION ET DU COUPLAGE ELECTRONIQUE POUR UNE PROTEINE FER-SOUFRE.
Author: REMI.. LE GOAS Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages :
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LA RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE PERMET L'ETUDE DES PROTEINES EN SOLUTION, AUSSI BIEN D'UN POINT DE VUE STRUCTURAL QUE DYNAMIQUE. APRES UN RAPPEL DES PROPRIETES DETERMINANTES DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES, SONT ABORDEES LES EXPERIENCES MAJEURES DE LA R.M.N. A DEUX DIMENSIONS, QUI DELIVRENT LES PARAMETRES NECESSAIRES A LA RECONSTRUCTION D'UN MODELE STRUCTURAL (DISTANCES INTER-HYDROGENES ET ANGLES DIEDRES). L'OBTENTION DE CE MODELE REPOSE, D'UNE PART SUR L'ANALYSE CORRECTE DES DISTANCES ISSUES DES EXPERIENCES, D'AUTRE PART SUR L'UTILISATION D'ALGORITHMES INFORMATIQUES PERMETTANT DE PARCOURIR EFFICACEMENT L'ESPACE CONFORMATIONNEL, TELS QUE LA METHODE DE DISTANCE-GEOMETRIE ET LA DYNAMIQUE MOLECULAIRE. UNE STRATEGIE HYBRIDE UTILISANT SUCCESSIVEMENT LES DEUX TYPES D'ALGORITHME A ETE EMPLOYEE SUR L'ALPHA-COBRATOXINE (71 ACIDES AMINES): ELLE A PERMIS L'EVALUATION DES DEUX METHODES ET A CONDUIT A UN ENSEMBLE DE SOLUTIONS STRUCTURALES QUI SONT COMPAREES AVEC LE MODELE CRISTALLOGRAPHIQUE INDEPENDAMMENT PROPOSE
![Détermination de la structure par RMN d'une protéine impliquée dans la biosynthèse de centres [Fe-S] PDF](https://books.google.com/books/content/images/frontcover/JFnKXwAACAAJ?fife=w150-h200)
Author: Nicolas Duraffourg![Détermination de la structure par RMN d'une protéine impliquée dans la biosynthèse de centres [Fe-S] PDF](https://books.google.com/books/content/images/frontcover/JFnKXwAACAAJ?fife=w80-h100)
Author: Nicolas Duraffourg![Détermination de la structure par RMN d'une protéine impliquée dans la biosynthèse de centres [Fe-S], SufA PDF](https://books.google.com/books/content/images/frontcover/4iYf0AEACAAJ?fife=w80-h100)
Author: Nicolas Duraffourg
Author: AFAF.. MIKOU
Author: Adrien Favier
Author: 
Author: JEAN-CHRISTOPHE.. HUS
Author: YINSHAN.. YANG
Author: Marie-Aude Coutouly
Author: RAINER.. KUMMERLE
Author: REMI.. LE GOAS