Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique PDF Download
Are you looking for read ebook online? Search for your book and save it on your Kindle device, PC, phones or tablets. Download Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique PDF full book. Access full book title Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique by François Delalande. Download full books in PDF and EPUB format.
Author: François Delalande Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages : 252
Book Description
Le couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse est devenu une méthode de choix pour la quantification de molécules dans une matrice, la détermination des séquences primaires de peptides et de protéines ainsi que la mise en évidence de modifications post-traductionnelles. Les progrès réalisés tant au niveau de la LC qu'au niveau de la spectrométrie de masse ont aussi révolutionné la biologie en permettant une identification sur des quantités femtomolaires de protéines séparées par électrophorèse bidimensionelle dans le cadre d'études protéomiques et la détection toujours plus sensible de molécules d'intérêt par exemple dans les fluides biologiques (plasma, urine, LCR).Mon travail de thèse a porté sur le choix et la mise au point de stratégies instrumentales et analytiques en optimisant de façon poussée tous les paramètres du couplage LC-MS et LC-MS-MS. La première partie concerne la mise au point expérimentale de techniques de microLC-MS et microLC-MS-MS pour la caractérisation de composés peptidiques et la mesure de leur biodisponibilité. La seconde partie porte sur le développement, l'optimisation et l'utilisation de la nano-LC-MS pour l'étude protéomique avec une première étude protéomique visant à caractériser les interactions entre le riz et le rice yellow mottle virus. Ce travail a permis par les techniques MALDI-MS et LC-MS-MS, de mettre en évidence les protéines du riz recrutées par les protéines de capside du virus et l'identification des protéines différentiellement exprimées selon la variété de riz (résistant/sensible). La seconde étude protéomique concerne la caractérisation de marqueurs d'expressions liés à l'anomalie "Mantled" chez le palmier à huile faisant appel au séquençage de novo. Pour conclure, nous avons utilisé les multiples potentiels du couplage microLC-MS et nanoLC-MS-MS pour répondre à différents problèmes biologiques. Ces réponses n'ont pu être obtenues que grâce à la mise au point de méthodologie particulière.
Author: François Delalande Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages : 252
Book Description
Le couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse est devenu une méthode de choix pour la quantification de molécules dans une matrice, la détermination des séquences primaires de peptides et de protéines ainsi que la mise en évidence de modifications post-traductionnelles. Les progrès réalisés tant au niveau de la LC qu'au niveau de la spectrométrie de masse ont aussi révolutionné la biologie en permettant une identification sur des quantités femtomolaires de protéines séparées par électrophorèse bidimensionelle dans le cadre d'études protéomiques et la détection toujours plus sensible de molécules d'intérêt par exemple dans les fluides biologiques (plasma, urine, LCR).Mon travail de thèse a porté sur le choix et la mise au point de stratégies instrumentales et analytiques en optimisant de façon poussée tous les paramètres du couplage LC-MS et LC-MS-MS. La première partie concerne la mise au point expérimentale de techniques de microLC-MS et microLC-MS-MS pour la caractérisation de composés peptidiques et la mesure de leur biodisponibilité. La seconde partie porte sur le développement, l'optimisation et l'utilisation de la nano-LC-MS pour l'étude protéomique avec une première étude protéomique visant à caractériser les interactions entre le riz et le rice yellow mottle virus. Ce travail a permis par les techniques MALDI-MS et LC-MS-MS, de mettre en évidence les protéines du riz recrutées par les protéines de capside du virus et l'identification des protéines différentiellement exprimées selon la variété de riz (résistant/sensible). La seconde étude protéomique concerne la caractérisation de marqueurs d'expressions liés à l'anomalie "Mantled" chez le palmier à huile faisant appel au séquençage de novo. Pour conclure, nous avons utilisé les multiples potentiels du couplage microLC-MS et nanoLC-MS-MS pour répondre à différents problèmes biologiques. Ces réponses n'ont pu être obtenues que grâce à la mise au point de méthodologie particulière.
Book Description
AU COURS DE CE TRAVAIL NOUS AVONS UTILISE DIFFERENTES TECHNIQUES DE SPECTROMETRIE DE MASSE DESTINEES A RESOUDRE DES PROBLEMES ANALYTIQUES DANS LE DOMAINE DE LA STRUCTURE DES PROTEINES. DANS LE BUT DE GAGNER DU TEMPS ET DE LA SENSIBILITE DANS LES ANALYSES, NOUS AVONS DEVELOPPE LE COUPLAGE DE LA CHROMATOGRAPHIE LIQUIDE (HPLC) AVEC LA SPECTROMETRIE DE MASSE (MS) EN MODE FAB FAST ATOM BOMBARDMENT PAR L'INTERFACE FAB A FLUX CONTINU (CF/FAB). CE COUPLAGE A ETE REALISE AVEC DES COLONNES CAPILLAIRES DE DIAMETRE INTERNE 0,25 MM. IL S'EST AVERE ETRE BIEN ADAPTE A L'ETUDE DE MELANGES COMPLEXES DE PEPTIDES DE MASSES INFERIEURES A 5000 DA AVEC UNE SENSIBILITE DE L'ORDRE DE 20 A 200 PMOL POUR UN PEPTIDE DE MASSE 1000 DA. CETTE SENSIBILITE DECROIT AU FUR ET A MESURE QUE NOUS ELEVONS DANS LE DOMAINE DE MASSE. PAR LA SUITE, LES TECHNIQUES DE COUPLAGE DE L'HPLC AVEC LA SPECTROMETRIE DE MASSE, PAR L'INTERFACE CF/FAB MAIS AUSSI PAR L'INTERFACE ELECTROSPRAY (ESI), ONT ETE UTILISEES POUR L'ETUDE DE LA STRUCTURE PRIMAIRE ET DES MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES DES PROTEINES H, T ET L DU COMPLEXE DE LA GLYCINE DECARBOXYLASE DES MITOCHONDRIES DES FEUILLES DE POIS. AINSI, LES ANALYSES DES FRAGMENTS ISSUS DE COUPURES CHIMIQUES OU ENZYMATIQUES DES PROTEINES H (14,1 KDA) ET T (40,9 KDA) ONT PERMIS DE VERIFIER LES SEQUENCES DE CES DEUX PROTEINES ETABLIES A PARTIR DE LEURS ADNC. NOUS AVONS AUSSI LOCALISER LA POSITION EXACTE DU COFACTEUR LIPOATE DE LA PROTEINE H. LA MESURE DE LA MASSE DE LA PROTEINE L (49,7 KDA) CONFIRME LA SEQUENCE DE LA PROTEINE. DE PLUS, ELLE MONTRE QU'IL N'Y A DE LIAISON COVALENTE NI ENTRE LES DEUX SOUS UNITES DE LA PROTEINE, NI ENTRE LA PROTEINE ET SON COFACTEUR, ET QUE LA PROTEINE L CONTIENT UNE MODIFICATION POST-TRADUCTIONNELLE DE 32 DA ENVIRON
Author: Romain Simon Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages : 0
Book Description
En recherche clinique ou environnementale, les biomarqueurs protéiques présentent un intérêt croissant. Bien que les immuno-dosages restent les méthodes de référence pour leur quantification, les récentes avancées en spectrométrie de masse (MS) font de cette technique une alternative crédible à l'ELISA. Ce travail apporte quelques éléments méthodologiques pour repousser certaines limitations de la MS. D'abord, deux dosages ont été proposés. Celui réalisé chez G. fossarum représente le premier exemple de dosage de la Vitellogénine chez un invertébré par LC-MS/MS. L'un des défis de la méthode présentée est de doser spécifiquement une protéine dans un organisme dont le génome est majoritairement inconnu. Le second dosage concerne les peptides contenant une méthionine. Nous avons développé un protocole d'oxydation des méthionines afin de s'affranchir du biais lié à leur oxydation partielle. Cette méthode a ensuite été appliquée à une protéine impliquée dans la maladie d'Alzheimer (l'Apolipoprotéine E4) dans une cohorte de 673 plasmas. Ce dosage est à ce jour l'une des plus grandes études réalisées par LC-MS/MS et montre toute la robustesse de cette approche. Enfin, l'influence de la phase mobile sur la sensibilité des dosages de peptides a été étudiée : d'abord en phase inverse, où le méthanol est une bonne alternative à l'acétonitrile ; ensuite en HILIC, où les difficultés liées à l'étude d'ions multichargés en milieu majoritairement organique ont été abordées. Les problèmes liés à la capacité de charge des colonnes ont également été soulevés. La chromatographie HILIC reste prometteuse pour la quantification de peptides puisqu'un facteur dix en sensibilité peut être apporté.
Author: Marine de Person Publisher: ISBN: Category : Languages : fr Pages : 280
Book Description
L'analyse qualitative et quantitative des acides aminés et des petits peptides dans les matrices complexes représente un enjeu indéniable dans de nombreux domaines d'application (agroalimentaire, pharmaceutique, exobiologie, ...). Les méthodes d'analyse que nous proposons dans ce mémoire font appel à la chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse sans étape de dérivation. La premiere partie du mémoire est consacrée à l'identification et au dosage de petits peptides dans des vins de Champagne. La méthodologie d'analyse est basée sur le couplage de la chromatographie de paire d'ions en milieu acide à la spectrométrie de masse à source electrospray en mode d'ionisation positif. Elle a été optimisée puis validée selon les critères classiques de validation. La seconde partie du mémoire a trait au développement de deux nouvelles méthodes séparatives complémentaires, compatibles avec un mode d'ionisation négatif. La première fait appel à la chromatographie de paire d'ions en milieu alcalin avec des agents d'appariement d'ions volatils (n-alkylammonium) sur silice greffée octadécyle et sur carbone graphitique poreux. La seconde utilise la chromatographie d'interactions hydrophiles sur une phase stationnaire polymérique de type amino. Une validation de ces méthodes a été développée. Enfin, une étude comparative des performances de deux sources d'ionisation de type electrospray associées à des interfaces différentes a été réalisée dans le cadre de l'analyse des acides aminés non dérivés.
Book Description
Premier ouvrage spécifiquement consacré à ce couplage, La spectrométrie de masse en couplage avec la chromatographie en phase gazeuse se différencie des autres publications scientifiques dédiées à la spectrométrie de masse en abordant la technologie avec une réelle volonté didactique. Ce manuel propose une démarche ancrée dans la pratique et offre des atouts décisifs pour gagner en temps et en qualité : une approche simple et précise du principe de fonctionnement des spectromètres de masse utilisés en couplage GC-MS, avec un minimum d'équations mathématiques, un comparatif des différents types de sources, d'analyseurs et de détecteurs, une mise en avant des aspects pratiques tels que la stratégie de mise au point d'une méthode de dosage ou l'utilisation d'une bibliothèque de spectres, un inventaire des problèmes et des "pièges" habituellement rencontrés par les utilisateurs de couplage GC-MS, un recueil des erreurs les plus communément commises et les solutions claires pour s'en affranchir. Ces conseils sont illustrés par de nombreux exemples choisis dans des domaines aussi divers que la toxicologie ou l'analyse environnementale avec toujours un double objectif pour les utilisateurs : leur permettre de tirer rapidement le meilleur parti de leur spectromètre de masse, les assister dans la détermination du matériel et des méthodes les plus appropriés à un contexte analytique donné (identification structurale, dosages multi-résidus, détermination de composés à l'état de traces en matrices complexes, etc.).
Book Description
Ces travaux de thèse ont porté sur la caractérisation de mélanges complexes oxygénés avec l'étude d'échantillons issus de la biomasse lignocellulosique, et de mélanges complexes hydrocarbonés via l'exemple des coupes lourdes pétrolières. La complexité chimique de ces deux types d'échantillon est propre à chacun et provient de multiples facteurs : i) les produits issus de la transformation de la biomasse lignocellulosique sont constitués de composés oxygénés étendus sur une large gamme de polarité, de masse moléculaire mais aussi de concentration, ii) les coupes lourdes pétrolières possèdent des milliers de constituants hydrocarbonés ainsi que des composés soufrés et azotés. Dans les deux cas, l'objectif de ces travaux de recherche est d'améliorer la connaissance de la composition des échantillons, ce qui est indispensable pour développer des procédés de transformation encore plus performants. Pour atteindre cet objectif, des méthodes séparatives adaptées aux propriétés des échantillons ont été mises en place et couplées à la spectrométrie de masse haute résolution (HRMS). Une méthodologie via l'utilisation de plans d'expériences a été proposée afin d'optimiser l'interface entre la dimension de séparation et la HRMS. Dans le cas des échantillons issus de la biomasse, dans un premier temps, le couplage de la chromatographie en phase liquide à polarité de phase inversée (RPLC) et de la HRMS avec une source electrospray (ESI) et une source d'ionisation chimique à pression atmosphérique (APCI) a permis une première description des échantillons. Des expériences de fragmentations successives ont mis en évidence des structures inédites. Par la suite, une méthode de chromatographie bidimensionnelle en ligne (LCxLC) dédiée à l'analyse des composés les plus polaires a été optimisée et couplée à la HRMS. La mobilité ionique (IMS) a également été étudiée afin d'évaluer son intérêt au sein des couplages réalisés. Dans le cas des coupes lourdes pétrolières, une méthode associant la chromatographie de partage centrifuge (CPC) en première dimension, la chromatographie en phase supercritique (SFC) en deuxième dimension couplée à la HRMS avec une source de photo-ionisation à pression atmosphérique (APPI) en tant que troisième dimension s'est révélée être une approche pertinente pour quantifier les hydrocarbures aromatiques polycycliques présents dans les distillats sous vide. Ce couplage hors-ligne de la CPC à la SFC a permis de construire des cartographies 2D organisées selon le degré d'insaturation et le nombre de cycles aromatiques des composés détectés, reflétant la composition détaillée des échantillons investigués. Pour terminer, les avantages et inconvénients de l'ensemble des méthodes développées au cours de cette thèse ont été discutés. Les spécificités des deux spectromètres de masse utilisés (FT-ICR et timsTOF) sont comparées en termes de résolution, vitesse d'acquisition et mécanismes de fragmentation. Une capacité de pics a été évaluée pour chaque couplage, ce qui a permis de les positionner les uns par rapport aux autres en perspective de la complexité des échantillons, du traitement des données et du besoin analytique.
Author: Colin T. Mant Publisher: CRC Press ISBN: 1351440748 Category : Medical Languages : en Pages : 887
Book Description
This book consists of a series of 82 precise, easy-to-read articles by internationally renowned scientists and emphasizes the practical approach to HPLC with minimal theory, although the underlying principles for peptide and protein separations are clearly expressed. All of the major modes of microbore, ultrafast and analytical HPLC are discussed, including size-exclusion, ion-exchange, reversed-phase, hydrophobic interaction, and affinity and immunoaffinity chromatography. A section on preparative HPLC, including displacement techniques, is also presented. Problem-solving approaches to the separation of various classes of biologically active peptides and proteins are thoroughly explored, while the importance of peptide standards for monitoring column performance and for optimizing separation conditions is emphasized. Several articles focus on the choice of the correct detection method (electrochemical, UV, fluorescence), as well as the need for a proper knowledge of approaches to column and instrument maintenance and trouble-shooting. A section on predictive approaches deals with both computer simulation of peptide separations and peptide structure. The book also includes complementary techniques to HPLC, as well as other useful applications of HPLC. It enables both novice and experienced chromatographers to realize the full potential of this extremely powerful technique, in the process making an important contribution to scientific literature.
Author: Angela Sarah Holste Publisher: ISBN: Category : Languages : en Pages : 0
Book Description
This PhD thesis was a Cotutelle between the Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA) in Pau, France and the Christian-Albrechts University (CAU) in Kiel, Germany. In the course of this international collaboration, bio-analytical methods for the quantitative and qualitative analysis of labelled peptides and proteins were developed, which were based on the hyphenation of chromatography with mass spectrometry. Peptides and protein digests were lanthanide labelled using DOTA-based compounds according to an optimised protocol. Separation on the peptide level was performed using IP-RP-nanoHPLC. Complementary data sets were acquired using MALDI-MS for identification and ICP-MS for quantification. In this context, an online precleaning step was developed and implemented in the nanoHPLC separation routine, which allowed for effective removal of excess reagents. This lead to lowered metal backgrounds during ICP-MS measurements and thus better data interpretability, while guarding peptide recovery at a maximum level. An alternative offline purification using solid phase extraction (SPE) resulted in important peptide losses and can be considered unsuitable for quantitative analysis. Additives to the nanoHPLC eluents, such as HFBA and EDTA were tested and not deemed beneficial for the analysis of normal peptide samples. HFBA can be reconsidered for special application on very hydrophilic peptide species. A set of labelled peptides was developed, which due to application of known quantities could be employed for quick and simple quantification of a low complexity digest sample. In addition this peptide set allowed for the reliable superposition of chromatograms, enabling sample comparability especially for complementary ICP-MS and MALDI-MS data. Experiments for application of fsLA-ICP-MS on MALDI-MS target plates were conducted and showed very promising results. For this purpose, samples that were already identified using MALDI-MS were supposed to be remeasured using fsLA-ICP-MS. First quantification attempts on the modified steel target plate were successful and in the range of expectance. Adjusted parameters for MALDI-MS allowed for proper peptide identifications.
Author: François Delalande
Author: François Delalande
Author: Cédric Sager
Author: VERONIQUE.. LOUVET MERAND
Author: Romain Simon
Author: Marine de Person
Author: BOUCHONNET Stéphane
Author: Carole Reymond
Author: Colin T. Mant
Author: Henri Wajcman
Author: Angela Sarah Holste